Beim Dienstantritt von Kantor Frank Scheffler 1999 in der Kernstadtgemeinde entsprach die Ausstattung der Kirchenmusik mit Instrumenten und Zubehör in keiner Weise dem Standard einer sogenannten A-Stelle. Es fehlte an vielem und was vorhanden war, zeigte erhebliche Instandhaltungsmängel. Sein Ziel und der Wunsch der an der Kirchenmusik interessierten Bad Nauheimerinnen und Bad Nauheimer war es, die Infrastruktur der Kirchenmusik auf einen modernen Stand zu bringen und weitere instrumentale Möglichkeiten zu eröffnen, um das hohe Niveau auszubauen. Deshalb gründete Hans Peter von Riegen im Januar 2001 den Freundeskreis.
In den folgenden Jahren wurden der Konzertflügel bezuschusst, die Chor- und Orchesterbühne angeschafft und diverse oratorische Aufführungen finanziell gefördert. Höhepunkte der Aktivitäten waren die Wiedererrichtung des Orgel-Fernwerkes in der Dankeskirche, die Anschaffung eines Cembalos im flämischen Stil und einer Truhenorgel sowie die Reparatur und Erweiterung der Orgel in der Johanneskirche. Damit war das wichtige Grundinstrumentarium für hochklassige Konzerte gesichert. Das Fernwerk gilt bis heute in Hessen als Besonderheit bei Orgelkonzerten.
Für die Probenarbeit mit den Chören in der Dankeskirche finanzierte der Freundeskreis zuletzt ein hochwertiges E-Piano und für den Gospelchor ein spezielles Stage-Piano.
2009 übernahm Hubertus von Prosch den Vorsitz. In dieser Zeit erhöhte sich die Mitgliederzahl und das Spendenaufkommen, so dass bis Ende 2016 Zuschüsse in Höhe von rund 55.000 Euro vom Freundeskreis an die Kirchengemeinde geleistet werden konnten.
2015 bis 2017 stand Stefan Casper dem Verein vor. Anschließend übernahm Sándor Vitéz den Vorsitz, der 2018 den Vorstand verließ. Hubertus von Prosch führt als stv. Vorsitzender den Verein bis zur Neuwahl 2019.
2017 entschied sich der Kirchenvorstand für den Bau einer neuen Orgel. Nachdem die alte Orgel von 1965 inzwischen in in einen sehr schlechten Zustand gekommen ist, wurde diese Entscheidung unabdingbar. Drei Mitglieder des Vorstandes des Freundeskreises meldeten sich sofort zur Mitarbeit im Orgelbaukreis, um das ambitionierte Ziel voranzutreiben und die anspruchsvolle Kirchenmusik in Bad Nauheim zu erhalten.
Im Jahr 2018 konnte der Freundeskreis, dank zahlreicher Spenden und eines großzügigen Vermächtnisses, mehr als 25.000 Euro für das Orgelprojekt überweisen.
Der Verein hat aktuell über 150 Mitglieder und zwei Fördermitglieder sowie zahlreiche treue Spenderinnen und Spender.